Кафедра автоматизації проектування енергетичних процесів та систем створена 30 червня 1984 році (наказ КПІ №78-1) в складі теплоенергетичного факультету.
Організатор, головний ідеолог створення кафедри та перший її завідувач - доктор технічних наук, професор, Академік інженерної академії наук, Лауреат Державної премії України Сліпченко Володимир Георгійович.
Метою створення кафедри АПЕПС було підвищення рівня використання комп'ютерних технологій студентами ТЕФ та проведення наукових досліджень в галузі моделювання складних динамічних систем. У цей період на кафедрі викладалися такі дисципліни як “Основи програмування”, “Чисельні методи в інженерних розрахунках”, “Моделювання динамічних об`єктів”.
З 1986 року кафедра АПЕПС почала готувати спеціалістів за спеціальністю “Інформаційні технології проектування” для теплоенергетичної галузі.
В 1990 році був відкритий прийом на нову для України спеціальність “Програмне забезпечення автоматизованих систем”.
У 1998 році вперше в Україні була відкрита спеціальність “Комп`ютерний еколого-економічний моніторинг”.
До ядра педагогічного колективу кафедри увійшли викладачі кафедри обчислювальної техніки в інженерних та економічних розрахунках Київського політехнічного інституту та провідні наукові працівники наукової лабораторії „Автоматизованого проектування динамічних об’єктів та систем” при КПІ.
Кафедра має науково виробничий полігон для випробування та впровадження наукових розробок викладачів та студентів. Таким підрозділом є науково дослідний інститут „Автоматизації проектування динамічних об’єктів та систем” - НДІ „АПРОДОС” - організаційною науковa - структурнa одиниця НТУУ "КПI", і бере свій початок від лабораторії "АПРОДОС", створеної в 1979 році при "Київському політехнічному інституті" як структурний підрозділ кафедри автоматизації проектування енергетичних процесів і систем ("АПЭПС"), керованої доктором технічних наук, професором Слипченко В.Г. Лабораторія була створена для виконання особливо важливої тематики, пов'язаної зі створенням аерокосмічної техніки в СРСР.
В 1987 році лабораторія "АПРОДОС" була перетворена в НДІ "АПРОДОС" при Київському політехнічному інституті, директором якої був призначений В.Г.Слипченко.
З 1978 по 1980 рр. в загальноінститутській лабораторії обчислювальної техніки проводились роботи із створення пакету прикладних програм – Комплексний розрахунок та оптимізація складних систем – унікальний інструмент для математичного моделювання. Цей пакет прикладних програм призначався для автоматизації процесів чисельного аналізу та параметричній оптимізації математичних моделей неперервних систем з зосередженими параметрами.
З 1979 по 1989 рр. в Науково-дослідницькій лабораторії автоматизації проектування динамічних об’єктів і систем КПІ разом з Київським виробничим об’єднанням ім. Артема було розроблено комплекс програм МТМ. (Науковий керівник – проф.. В.Г. Сліпченко, колектив виконавців – с.н.с. О.А.Дацюк, с.н.с. С.О.Лук’яненко, с.н.с. В.Б. Красноярська, вед інженер А.М.Беленцова.) Комплекс призначався для схемотехнічного проектування радіоелектронних пристроїв за допомогою ЕОМ. Комплекс було впроваджено на підприємствах Києва, Горького, Артемовська, Воронежу, Харкова.
З 1979 року по 1987 рік лабораторія "АПРОДОС" проводила великі наукові вишукування й розробки разом з Науково-Виробничим об'єднанням "Молния" (м. Москва), що розробляло аерокосмічний проект "Буран", аналогічний американському проекту "Шаттл" і який був успішно завершений у 1988 р. у вигляді пускового експерименту.
Було створено загальне та спеціалізоване математичне забезпечення, а також інтерфейс між спеціальним обладнанням і ЕОМ для трьох випробувальних стендів орбітального літака "Буран". Таке системне відпрацьовування за допомогою повнорозмірного стенду були проведені вперше у світовій і вітчизняній практиці.
З 1979 року по 1985 рік у лабораторії "АПРОДОС" виконувалися розробки автоматизованої системи геометричних розрахунків обводів літальних апаратів (система "СИГРАНТ"), що була впроваджена на Київському авіаційному заводі й застосовувалася при розробці й виготовленні літаків АН72, АН32, АН200(РУСЛАН), АН70 (МРІЯ), а також одержала застосування на інших авіапідприємствах країн СНД.
У 1998 р. д.т.н., професор Ю.І. Бадаев поклав початок напряму прикладної геометрії та комп’ютерної графіки. Під його керівництвом його учнями – доц. Н.М.Аушевою і доц. Ю.В. Сидоренко проводяться фундаментальні розробки з питань комп’ютерної геометрії із впровадженням результатів у виробництво.
В 2004 р. відповідно до Указу Президента України від 17.01.1995 року була виконана науково-технічна програма ГРАНІТ - "Розробка науково-методичних засад системи прогнозування генетичного ризику впровадження нових технологій та забруднення оточуючого середовища".
Сьогодні кафедра кожного року набирає 5 груп першокурсників денної форми навчання та одну групу на форму навчання без відриву від виробництва. Кожного року кафедра випускає більш ніж 130 спеціалістів та магістрів.
Метою підготовки студентів є випуск таких фахівців, які зможуть виконувати майже всі завдання, що потребують використання обчислювальної техніки та використання інформаційних технологій, а також будуть спроможні пристосуватися до постійних змін та вдосконалення комп'ютерних технологій.